Criado em 1988 como parte das ações de Implantação do Parque Nacional Marinho dos Abrolhos, com a missão de estudar e proteger a população remanescente de baleias-jubarte que se reproduzem em águas brasileiras, que naquela época ainda estavam ameaçadas de extinção. Graças aos mais de 35 anos de esforços, as jubartes hoje se recuperaram quase que totalmente no Brasil. O Projeto, administrado pelo Instituto Baleia Jubarte e patrocinado pela Petrobras desde 1996, conta com cinco bases físicas, estas na Praia do Forte, Caravelas e Itacaré, na Bahia; em Vitória, no Espírito Santo; e em Ilhabela, São Paulo, além de atuar em outras regiões através de parcerias com instituições congêneres, o Poder Público e o setor privado, e trabalha em três frentes – pesquisa, educação e políticas para a conservação – para assegurar a recuperação plena da espécie.